智慧农业系统的总体架构主要包括三个层次：感知层、网络传输层和应用层。

　　1.感知层：这一层的主要任务是通过各种传感器、控制器等设备，实现对农业环境的实时监测和数据采集。这些传感器可以监测土壤、气象、水质等环境参数，以及动植物的生长状况，为后续的决策分析提供数据支持。

　　2.网络传输层：网络传输层主要负责将感知层采集到的数据传输到应用层进行处理和分析。这一层通常依赖于物联网、云计算等技术，实现数据的远程传输和存储。同时，网络传输层还需要保证数据的安全性和可靠性，防止数据在传输过程中被篡改或丢失。

　　3.应用层：应用层是智慧农业系统的核心，它负责将感知层和网络传输层提供的数据进行处理和分析，从而实现对农业生产的智能化管理。应用层的功能包括但不限于精准感知、可视化、远程监测、远程控制、灾变预警等。此外，应用层还可以结合专家的知识和经验，为农业生产提供决策支持。

　　除了以上三个层次外，智慧农业系统还需要考虑用户接口和人机交互的设计，以便用户能够方便地使用系统并获取所需的信息。同时，系统的安全性和稳定性也是非常重要的，需要采取一系列措施来保障系统的正常运行和数据的安全。

　　综上所述，智慧农业系统的总体架构是一个多层次、复杂的系统，需要整合现代信息技术、物联网技术、云计算技术等多方面的资源和技术，以实现农业生产的智能化、高效化、精准化。